[Stan] multinomialをつかった回帰(3)
前回のsoftmaxをつかったモデルでは信用区間がひろかったので、何か制約をいれた方がよさそうということで、パラメータの事前分布をせまくしてみました。
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[Stan] multinomialをつかった回帰
3種の生物が生息している地域のN地点でそれぞれM個体を採取する。採取した3種の個体数（の割合）と共変量Xとの関係を分析する。という設定をかんがえてみたテストです。
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[Stan] AHM 10.4 サイト占有モデル
“Advanced Hierarchical Modeling in Ecology”の10章10.4節にあるサイト占有モデルのStan移植です。
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[R] bayesplot::ppc_rootogram
bayesplotパッケージで離散値の事後予測チェックをするときは、ppc_rootogramをつかうといい感じなのでメモ。
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cmdstanrで"PCH file built from a different branch"というエラーがでたとき
Mac (Catalina 10.15.1) のcmdstanrで以下のようなエラーが出るようになった。 error: PCH file built from a different bra..
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[Stan] CmdStanRをつかうけれども、なければRStanをつかう関数
CmdStanRがインストールされていればCmdStanRをつかうけれども、そうでなければRStanをつかう関数を定義してみました。エラー処理とかはいいかげんなので、適宜改良してください。
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[Stan] CmdStanRのテスト2
いろいろなメソッドをつかってみました。
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[Stan] CmdStanRのテスト1
CmdStanRをためしてみました。macOS Catalina 10.15.1で動作しました。
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[Stan] Multiscale Occupancy Model
Advanced Hierarchical Modeling in Ecology 10.10節のMultiscale Occupancy ModelをStanに移植してみました。
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[Stan] データのばらつきにランダム効果があるモデル
データのばらつきにランダム効果があるモデルというものをかんがえてみました。
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[Stan] カテゴリカル分布へのあてはめと事後予測チェック
ベータ分布を任意の切断点で分割して、分割された面責に応じた確率でカテゴリカル分布を生成するというデータに対し、Stanでモデルをあてはめ、bayesplotパッケージで事後予測チェック (Poster..
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[R] CmdStanの結果のCSVファイルを読んで、mcmc.listを返す関数
タイトルのとおりの関数です。
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