R: mcmc.listをggplot2で表示
mcmc.listオブジェクトをggplot2で表示してみる。
タグ： ggplot2 R MCMC

MCMCの結果から信用区間を入れたグラフをえがく
先日のMCMC研修で質問のあった、MCMCの結果を利用して信用区間(CI)を入れたグラフをえがく方法。その場で即興でしめした方法は正確ではなかったので、ちゃんとした方法を考えてみる。
タグ： R MCMC

MCMC研修サンプルファイル
先日のMCMC研修で使用したサンプルファイルです。 例題1 sample1.R 例題2 sample2.R 例題3 sample3.R sample3.csv..
タグ： MCMC

MCMCmetrop1Rに事前分布を入れてみる
もう4年ほど前にMCMCmetrop1Rを試し始めたのだが、そのころは事前分布はあまり考えていなかった。というか、MCMCmetrop1Rのhelpのサンプルコードにもないのだが、これは要するに一様分..
タグ： MCMC R

誤差のある説明変数
Kubolog 2009-10-12にあった話。自分でもやってみる。 set.seed(1234) test1 <- function(beta = 0, beta.x = ..
タグ： MCMC

ランダムエフェクトつき比例ハザードモデルのMCMC推定
ランダムエフェクトのある比例ハザードモデルのMCMC推定。bugs-examplesのleukを参考に。 survivalパッケージのratsデータを使用。 > library(surv..
タグ： jags MCMC

MCMC再訪(5): パス解析
前回の続き。今回はパス解析っぽいモデル。図示すると下の図のようになる。ただし、Zはポアソン分布。
タグ： MCMC winbugs

MCMC再訪(4): 混合モデルその2
承前。 同じデータをNested Indexingを使用して解析する。
タグ： MCMC winbugs

MCMC再訪(3): 混合モデル
ブロック(1–8)ごとにとられたデータx1, x2, yに、y = β + &beta1x1 + &beta2x2という関係があると想定されるとき、パラメータβ, ..
タグ： MCMC winbugs

MCMC再訪(2): ロジスティック回帰
(1)につづき、今回はロジスティック回帰をやってみる。 ある生物の集団があったとする。K = 10個体ずつに、X (X1 = 0, X2 = 1, X3 = 2,..., X11 = 10)単位..
タグ： MCMC winbugs

空間モデリング
某所の種子落下数データを空間的自己相関を考慮したモデルで解析してみようと、久保さんのところを参考にいろいろ試行錯誤してみた。 データは、シードトラップを12個、10m間隔で列状に並べて種子を採取..
タグ： jags winbugs MCMC

BUGSでunbalancedなデータを扱う
BUGS言語で、データ数が不ぞろいなデータセットを扱う方法が、BUGSサイト:TricksのHandling unbalanced datasetsに解説されている。方法は3つ。JAGSで試してみ..
タグ： MCMC jags