JAGSのconfigure
MAGRO: 実行時間の比較でJAGSの成績が異様に悪く、ところが研究室マシンのJAGSは速かったので、自前でJAGSをコンパイルしなおしてみた。結果として、configureを見直すことで改善される..
タグ： jags MCMC

MAGRO: コード生成機能をためす
MAGROにはネイティブコード生成機能があるというので試してみた。
タグ： MCMC MAGRO

MAGRO: 実行時間の比較
MAGROはマルチコア対応ということで、WinBUGSおよびJAGSと実行時間を(いいかげんに)測定してみた。
タグ： MAGRO MCMC

MAGRO
East_Scrofaさんのところで、MAGRO (MCMC Another Gibbs Sampler)が紹介されていた。しばらく前のKuboLogにあったのはこれのことなのか。ということで、さっそ..
タグ： MCMC MAGRO

またもやXの誤差
誤差を含んだXでの回帰をもうちょっとかんがえてみる。今回は2000回計算を繰り返して傾きの値の分布を推定する。 実際のXの値で回帰したときと、誤差を含んだXの値で直線回帰したときの傾きの値。..
タグ： R MCMC

x誤差とポアソン分布
誤差のあるxとポアソン分布するyとの関係をかんがえる。 こういうデータ。 set.seed(1234) n <- 100 sd.x <- 0.1 beta <- 0..
タグ： MCMC

Model II 回帰のMCMC
Model IIの回帰をMCMCでやってみる。
タグ： R MCMC

いちおう時系列なデータのMCMC
こういうデータのパラメータをMCMCでベイズ推定してみる。 結果のグラフ
タグ： R MCMC jags

R: mcmc.listクラスのオブジェクトをggplot2で表示する関数
前回、グラフを描くのにつかったコードを関数化してみる。例によってエラーチェックなどは最低限しかしていない。 library(ggplot2) qplot.mcmc.list <-..
タグ： ggplot2 R MCMC

誤差のある説明変数 (5)
さらに前回のつづき。 x0の事前分布をdgamma(mean(x), 1/var(x))としてみる。
タグ： MCMC R

誤差のある説明変数 (4)
前回のつづき。無情報でない事前分布をつかってMCMC計算をおこなってみる。 今回も同じデータで。 ## data set.seed(1234) n <- 100 ..
タグ： MCMC

誤差のある説明変数 (3)
誤差のある説明変数のつづき。 n.iter = 2000, n.thin = 20だと、標準偏差の収束具合が下のように微妙だった。 では、n.iter = 50000, n.thin ..
タグ： MCMC